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昆明植物所揭示植物基因組數(shù)據(jù)共享嚴(yán)峻現(xiàn)狀，提出實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)共享的可行路徑
自2000年首個(gè)植物基因組發(fā)表以來，全球已發(fā)表超過1500種植物的基因組數(shù)據(jù)。盡管開放科學(xué)和FAIR數(shù)據(jù)原則(Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)已逐漸成為共識(shí)，但在實(shí)際數(shù)據(jù)共享過程中，仍普遍存在數(shù)據(jù)可獲取性不足、共享標(biāo)準(zhǔn)不一致等問題，嚴(yán)重制約了其潛在價(jià)值的充分發(fā)揮，并影響科學(xué)研究的可重復(fù)性。因此，系統(tǒng)性地分析與評(píng)估當(dāng)前植物基因組數(shù)據(jù)共享現(xiàn)狀，對(duì)于推動(dòng)其科學(xué)利用與發(fā)展至關(guān)重要。
近日，中國科學(xué)院昆明植物研究所馬永鵬研究員專題組基于PubPlant數(shù)據(jù)庫，系統(tǒng)收集并整理了2018至2024年間發(fā)表的1717篇植物基因組論文，這一時(shí)間跨度覆蓋了植物基因組測(cè)序技術(shù)快速迭代與基因組資源集中增長的關(guān)鍵階段。為了評(píng)估基因組數(shù)據(jù)的共享情況，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)這些論文中的原始基因組測(cè)序數(shù)據(jù)(Raw data)、組裝數(shù)據(jù)(Assembly data)和注釋數(shù)據(jù)(Annotation data)公開情況進(jìn)行逐一核查。分析顯示，植物基因組數(shù)據(jù)的公開情況令人擔(dān)憂：高達(dá)40.83%的論文未能同時(shí)公開這三類數(shù)據(jù)。其中，注釋數(shù)據(jù)未公開率最高，達(dá)34.07%，遠(yuǎn)超原始數(shù)據(jù)(16.07%)和組裝數(shù)據(jù)(13.28%)。研究還發(fā)現(xiàn)，即使在論文發(fā)表后，通過郵件聯(lián)系作者獲取未公開數(shù)據(jù)也極為困難：近70%的數(shù)據(jù)請(qǐng)求未能成功，反映出當(dāng)前數(shù)據(jù)共享機(jī)制在實(shí)踐中的嚴(yán)重不足。
為進(jìn)一步分析影響這三類數(shù)據(jù)公開率的關(guān)鍵因素，研究團(tuán)隊(duì)采用多變量Firth校正邏輯回歸模型(multivariable Firth-corrected logistic regression)和似然比檢驗(yàn)(Likelihood Ratio Test)等多種統(tǒng)計(jì)方法，量化了期刊、國家、分類單元及基因組大小等因素對(duì)數(shù)據(jù)公開率的解釋力度。統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示，對(duì)于所有三類數(shù)據(jù)，“期刊效應(yīng)”(Journal Effect)對(duì)數(shù)據(jù)是否公開的解釋力度最高，顯著強(qiáng)于“國家效應(yīng)”(Country Effect)，這表明期刊的數(shù)據(jù)政策在推動(dòng)數(shù)據(jù)共享方面起著更關(guān)鍵的作用。
為解決上述問題，研究團(tuán)隊(duì)呼吁科學(xué)共同體中的關(guān)鍵參與者：期刊、政策制定者、數(shù)據(jù)庫平臺(tái)、作者、審稿人以及讀者，共同積極推動(dòng)基因組數(shù)據(jù)的開放共享。建議通過在論文發(fā)表流程中核驗(yàn)數(shù)據(jù)真實(shí)性與可訪問性、完善注釋數(shù)據(jù)提交規(guī)范、鼓勵(lì)同步公開標(biāo)準(zhǔn)化注釋文件及質(zhì)量控制信息，以提升數(shù)據(jù)共享的可用性;同時(shí)提出資助政策、數(shù)據(jù)庫支持、審稿核驗(yàn)及規(guī)范引用與再利用實(shí)踐等方面的建議。相關(guān)成果以Plant genome data sharing: a call towards fully open access為題在線發(fā)表于植物學(xué)知名期刊Plant Communications。中國科學(xué)院昆明植物研究所碩士研究生楊昊和博士后劉雄芳為論文共同第一作者，馬永鵬研究員與博士研究生張仁綱為共同通訊作者。中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園碩士研究生羅貞參與了該工作。該研究獲得了國家自然科學(xué)基金林草聯(lián)合基金重點(diǎn)項(xiàng)目(U2571210)和中國科學(xué)院昆明植物研究所戰(zhàn)略先導(dǎo)科技專項(xiàng)(KIBXD202401)等項(xiàng)目的支持。
圖1 植物基因組數(shù)據(jù)共享情況總覽。A.三種數(shù)據(jù)類型公開與非公開數(shù)據(jù)比例; B.2018年至2024年非公開數(shù)據(jù)的年變化情況; C.按出版數(shù)量排序的前十種期刊的數(shù)據(jù)共享狀態(tài); D.按出版數(shù)量排序的前十個(gè)國家的數(shù)據(jù)共享狀態(tài); E.按期刊和國家分類的數(shù)據(jù)可用性氣泡圖; F. 基于似然比檢驗(yàn)(LRT)比較國家與期刊在數(shù)據(jù)共享中的解釋力。
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